Németország alkotmánya biztosítja a vallásszabadságot, valamint kimondja, hogy nem szabad senkit hátrányosan megkülönböztetni hite vagy vallása miatt. Ettől függetlenül a nagyobb vallások kedvezményekben részesülnek, például hittant oktathatnak az iskolákban, és az egyházak részesülnek az adóbevételekből is.

A legelterjedtebb vallás a kereszténység. A népesség kétharmada keresztény vallású, a keresztények fele (a teljes népesség 33 százaléka, főként a délen és nyugaton élők) katolikus, fele (szintén a teljes népesség 33 százaléka, főként északon és keleten) protestáns. A legtöbb protestáns a Német Evangélikus Egyház tagja. Független gyülekezetek is léteznek minden nagy és sok kisebb városban is, de ezek többnyire kicsik.

A római katolicizmus volt a domináns vallás a 15. századig, de a reformáció néven ismert vallási mozgalom drasztikus változásokat hozott. 1517-ben Luther Márton szembeszállt ezzel a vallással, mert a hit elüzletiesedését látta benne. Ezzel megváltoztatta Európa és a világ történelmét, és megalapította a protestantizmust, Németország legnagyobb mai vallási irányzatát.

A II. világháború előtt a lakosság körülbelül kétharmada volt protestáns és egyharmada katolikus, a protestánsok főleg az észak-északkeleti területeken éltek. A háború után kettéosztott ország nyugati felében a katolikusok voltak enyhe többségben.

A korábbi Kelet-Németország kevésbé vallásos, elképzelhető, hogy a negyven éves kommunista uralom miatt. Egy tanulmány szerint a lakosságnak csupán 5 százaléka jár hetente templomba, szemben a nyugati országrész 14 százalékával – ez az érték az egyik legalacsonyabb a világon. Az egyházi esküvők, temetések, keresztelők száma szintén alacsonyabb, mint a nyugati országrészben.

A németek 30 százaléka nem kötődik egyetlen valláshoz sem (keleten ez a számadat magasabb).

Körülbelül 3 millió muszlim (legtöbbjük török származású) él Németországban. A görögkeleti (ortodox) keresztények létszáma néhány százezer, az Új Apostoli Egyház 400 ezer hívet számlál, a zsidó vallásúak pedig a hivatalos statisztika szerint 160 ezren vannak.

Németország, különösképpen Berlin zsidó lakossága növekszik a leggyorsabban a világon. Százezres nagyságrendű számú, a korábbi szocialista blokkból származó zsidó telepedett le Németországban a berlini fal leomlása óta, többségük valamelyik volt szovjet tagköztársaságból érkezett. Ennek oka, hogy a német bevándorlási törvények rendkívül megkönnyítik a FÁK és a balti államokban élő zsidó származású személyek bevándorlását, valamint hogy a mai németek a politikai helyzet következtében jobban elfogadják a zsidókat, mint a volt Szovjetunió által dominált területek lakói. A nemzetiszocialisták hatalomra kerülését megelőzően körülbelül 600 ezer zsidó élt Németországban, akik nagyrészt – a magyarországiakhoz hasonlóan – Galíciából vándoroltak be Németországba a 18.–19.–20. század folyamán.

Az 1990-es évek közepén a szcientológia kisebbfajta pánikot okozott Németországban. Az egyház a hiedelmek szerint a társadalom legfelsőbb köreibe való beszivárgásra törekedett. A sajtó, de maguk a szcientológus csoportok is eltúlozták mind követőik számát, mind azok befolyását. 2004-re a téma kikerült a köztudatból. A német belföldi hírszerzés szerint a szcientológusok száma 10 ezerre tehető.